Formularz zlecenia badania wraz z formularzem świadomej zgody pacjenta:

• Pobierz pdf
  
• Pobierz doc
  

Formularz należy wypełnić i dołączyć do przesyłanej próbki. Zlecenie badania wymaga podpisu i pieczęci lekarza onkologa oraz jednostki kierującej na badanie; w innym przypadku nie zostanie zrealizowane.

Do wykonania badania należy przesłać:

• bloczek parafinowy (wraz z preparatem szkiełkowym) albo
• próbkę krwi (4ml na EDTA) albo
• próbkę DNA (minimum 2ug).

Formularz zlecenia badania wraz z formularzem świadomej zgody pacjenta:

• badanie z bloczka parafinowego/krwi/DNA
  Pobierz pdf
  Pobierz doc
  
  
• badanie cfDNA
  Pobierz pdf
  Pobierz doc
  
  Formularz należy wypełnić i dołączyć do przesyłanej próbki. Zlecenie badania wymaga podpisu i pieczęci lekarza onkologa oraz jednostki kierującej na badanie; w innym przypadku nie zostanie zrealizowane.

Do wykonania badania należy przesłać:

• bloczek parafinowy (wraz z preparatem szkiełkowym) albo
• próbkę krwi (4ml na EDTA) albo
• próbkę DNA (minimum 2ug) albo
• próbkę krwi na cfDNA (2x 9ml, probówki sztrekowe).

Formularz zlecenia badania wraz z formularzem świadomej zgody pacjenta:

• Pobierz pdf
• Pobierz doc

Formularz należy wypełnić i dołączyć do przesyłanej próbki. Zlecenie badania wymaga podpisu i pieczęci lekarza onkologa oraz jednostki kierującej na badanie; w innym przypadku nie zostanie zrealizowane.

Do wykonania badania należy przesłać:

• bloczek parafinowy (wraz z preparatem szkiełkowym) albo
• próbkę krwi (4ml na EDTA) albo
• próbkę DNA (minimum 2ug).

1. Z zakładu patomorfologii należy uzyskać bloczek parafinowy wraz z odpowiadającym mu preparatem szkiełkowym; alternatywnie, można przesłać wycinek tkanki nowotworowej wycięty z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierający wyłącznie tkankę nowotworową;
2. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem pacjenta i zabezpieczyć (można okleić taśmą klejącą);
3. Próbkę włożyć do koperty (najlepiej do koperty z folią bąbelkową);
4. Do koperty z próbką należy włożyć podpisany przez pacjenta i lekarza onkologa formularz zlecenia badania wraz z formularzem świadomej zgody pacjenta.
5. Materiał należy przesyłać w temperaturze pokojowej.

Zamówienie kuriera po odbiór próbek:
Warsaw Genomics
ul. Żwirki i Wigury 101
budynek CNBCH, wejście B, II piętro
02-089 Warszawa

lub dostarczyć samodzielnie pod wskazany adres.

Pobierz: Instrukcja pobrania i odesłania materiału do badania.

1. Probówkę z pobraną krwią (4ml, pobrane na EDTA) należy opisać imieniem i nazwiskiem pacjenta, owinąć jednorazową chusteczką, kawałkiem ręcznika papierowego lub innym materiałem chłonnym i włożyć do foliowego woreczka;
2. Należy zamknąć szczelnie woreczek z probówką i włożyć go do sztywnego opakowania z plastiku albo małego pudełka;
3. Opakowanie włożyć do koperty (najlepiej do koperty z folią bąbelkową);
4. Do koperty z próbką należy włożyć podpisany przez pacjenta i lekarza onkologa formularz zlecenia badania wraz z formularzem świadomej zgody pacjenta.
5. Materiał po pobraniu należy przechowywać w temperaturze pokojowej, jeśli transport do laboratorium jest zaplanowany na ten sam dzień lub w lodówce (4-8oC), jeśli transport zaplanowany jest w ciągu 7 dni od jej pobrania. Po tym czasie próbkę należy zamrozić (-20oC).
6. Materiał należy przesyłać w temperaturze pokojowej.

Zamówienie kuriera po odbiór próbek:
Warsaw Genomics
ul. Żwirki i Wigury 101
budynek CNBCH, wejście B, II piętro
02-089 Warszawa

lub dostarczyć samodzielnie pod wskazany adres.

Pobierz: Instrukcja pobrania i odesłania materiału do badania.

1. Probówki (2) z pobraną krwią (9ml, specjalne probówki sztrekowe) należy opisać imieniem i nazwiskiem pacjenta, owinąć jednorazową chusteczką, kawałkiem ręcznika papierowego lub innym materiałem chłonnym i włożyć do foliowego woreczka;
2. Należy zamknąć szczelnie woreczek z probówką i włożyć go do sztywnego opakowania z plastiku albo małego pudełka;
3. Opakowanie włożyć do koperty (najlepiej do koperty z folią bąbelkową);
4. Do koperty z próbkami należy włożyć podpisany przez pacjenta i lekarza onkologa formularz zlecenia badania wraz z formularzem świadomej zgody pacjenta.
5. UWAGA: Dostarczenie próbek musi nastąpić w czasie maksymalnie 6h od ich pobrania w dni robocze w godzinach pracy laboratorium. Prosimy o wcześniejszy kontakt mailowy ([email protected]) z informacją o dacie i godzinie odbioru próbki na minimum 48h przed pobraniem próbki w celu zagwarantowania terminu kierowcy. Próbek krwi na cfDNA nie można dostarczyć standardowym kurierem.
6. Materiał należy dostarczyć w temperaturze pokojowej.

1. Probówkę z DNA (2-4ug, zawieszone w TRIS-HCl) należy okleić etykietą ze imieniem i nazwiskiem pacjentki, owinąć jednorazową chusteczką, kawałkiem ręcznika papierowego lub innym materiałem chłonnym i włożyć do foliowego woreczka;
2. Należy zamknąć szczelnie woreczek z probówką i włożyć go do sztywnego opakowania z plastiku albo małego pudełka;
3. Opakowanie włożyć do koperty (najlepiej do koperty z folią bąbelkową);
4. Do koperty z próbką należy włożyć podpisany przez pacjenta i lekarza onkologa formularz zlecenia badania wraz z formularzem świadomej zgody pacjenta.
5. Materiał należy przesyłać w temperaturze pokojowej.

Zamówienie kuriera po odbiór próbek:
Warsaw Genomics
ul. Żwirki i Wigury 101
budynek CNBCH, wejście B, II piętro
02-089 Warszawa

lub dostarczyć samodzielnie pod wskazany adres.

Pobierz: Instrukcja pobrania i odesłania materiału do badania.

W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji.

W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako warianty „potencjalnie patogenne” i „patogenne”, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii:

Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby.

Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne.

Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany.

Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby.

Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby.

Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria:

• wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą
• wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu:
  • określony w analizach bioinformatycznych
  • potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo
• lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna)
• zmiana de novo/dziedziczna
• częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna)
• częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych.

Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbNSFP, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor).

Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qPCR lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego.

Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics.